La mission de la Banque Alimentaire est de fournier à ses associations partenaires des denrées alimentaires de bonne qualité et en quantité suffisante, et de répartir  ces denrées entre les associations qui les distribuent aux personnes en difficulté. Si le principe est simple, le fonctionnement de toute la chaîne de distribution est encadré par des règles très rigoureuses. Chaque dépositaire des aliments ou autres dons doit prouver son professionnalisme. Le rôle de la Banque alimentaire est donc aussi d’accompagner ses partenaires, de les former à la gestion de stocks et à l’optimisation et de les conseiller. Les partenaires sont régulièrement visités par les membres de la Banque Alimentaire qui s’assure que les conditions de stockage des aliments sont optimales et que les bénéficiaires sont satisfaits.

Les relations entre les associations bénéficiaires et la Banque Alimentaire sont encadrées par une convention de partenariat. Cette dernière établit les engagements de chacune des parties. Elle définit en particulier les obligations réglementaires en matière dé sécurité alimentaire, de transmission des informations et de respect du principe de gratuité. Ces conventions de partenariat sont renouvelées chaque année pour les associations qui en respectent les principes.